מתוך: "מאמרים על ירושלים" > "נצרות בירושלים"
הכנסיה היא יוונית אורתודוכסית והיא חלק ממנזר המקיף אותה. היא נמצאת בעיר העתיקה ברובע הנוצרי בתחילת רחוב הנוצרים כאשר באים מרחוב השלשלת. המנזר, כמו חלק גדול מהמנזרים היוונים אורתודוכסים בעיר העתיקה מאוכלס בנזירים ספורים (ולפעמים רק אחד) ורוב תושביו הם ערבים בני הקהילה היונית אורתודוכסית.
לפי יוסף בן מתיתיהו יוחנן המטביל נרצח על ידי הורדוס אנטיפס במבצר מכוור שנמצא ממזרח לים המלח. קברו המסורתי של יוחנן נמצא בסבסטיה שבשומרון.
לפי המסורת הנוצרית בתקופתו של הקיסר יוליאנוס הכופר (361 – 363) הוצאו עצמות קדושים רבים מקבריהם ופוזרו, וזה היה גם גורלם של עצמות יוחנן המטביל.
לפי אחת המסורות שמקורה כנראה בתקופה הצלבנית ראשו של יוחנן הגיע לכנסית פרודרומוס היוונית אורתודוכסית שברחוב הנוצרים ועד היום שמורה בכנסיה עצם אותה מיחסים לגולגלתו של יוחנן.
פרוש המילה "פרודרומוס" הוא המבשר (החלוץ לפני המחנה) כלומר יוחנן המטביל שבישר על בואו של ישו.
מתחת לכנסיה היוונית – אורתודוכסית הנוכחית נמצאת כנסיה צלבנית מהמאה ה – 12 שנפתחה לקהל . יורדים אליה בגרם מדרגות שנמצא דרומית לפתח הנוכחי ומגיעים למבואה (נרתקס) ממנה נכנסים אל הכנסיה העתיקה הבנויה בצורת צלב כאשר המזבח פונה למזרח. המקום עבר נקיון והכשרה לקבלת מבקרים וכרגע (תחילת 2015) הוא פתוח בשעות היום. מפתח מקבלים מהנזירה (נזיר) העומד בכניסה ועלות הביקור 5 שקלים לאדם.
כנסיית יוחנן הקדוש שירתה את המסדר ההוספיטלרי בתקופה הצלבנית או בשמם המלא "מסדר יוחנן הקדוש של בית החולים בירושלים", כלומר יוחנן היה הפטרון של המסדר והכנסיה קרויה על שמו. כנראה שההוספיטלרים הם המקור למסורות הללו בדבר ראשו של יוחנן המטביל, אותן הצמידו לכנסייה שלהם.
יש הטוענים שבמקום שרידים ביזנטיים (שלא נמצאו בחפירות) וטענה זו, רק במקרה שתוכח, תוביל למסקנה שהמסורות בדבר יוחנן המטביל במקום הזה מקורם אולי קדום יותר.
הכנסיה העליונה נבנתה בשלהי המאה ה – 19 והיא שייכת ליוונים אורתודוכסים. צורתה קלסית עם איקונוסטאזיס – מסך איקונות המפריד בין המזבח לאולם התפילה.
בקירות החיצוניים של הכנסיה שולבו אבנים שנלקחו מהכנסיה העתיקה במקום.
